В конце 2002 года Марк Янсен покинул After Forever из-за творческих разногласий с остальным коллективом и стал собирать музыкантов для своего нового музыкального проекта, изначально названного Sahara Dust. В начале 2003 года на место ведущей вокалистки группы он пригласил Хелену Михаельсен из группы Trail of Tears, однако вскоре её сменила юная и ещё никому не известная вокалистка Симона Симонс, девушка Янсена. В состав группы также вошли гитарист Ад Слуйтер, барабанщик Жероен Симонс, басист Ив Хутс и клавишник Коен Янссен. Название группы было изменено на «Epica» под впечатлением от альбома группы Kamelot Epica.

Epica стала использовать для записи альбома хор из шести мужчин или женщин, а также струнный оркестр — три скрипки, два альта, две виолончели и контрабас. Дебютный альбом группы, The Phantom Agony вышедший в июне 2003 года, продюсировал Саша Пает, известный по работе с такими коллективами как Angra, Rhapsody of Fire и Kamelot

Второй альбом группы, названный Consign to Oblivion, был написан под влиянием культуры цивилизации Майя и таких известных композиторов, пишущих музыку к фильмам, как Ханс Циммер и Дэнни Эльфман. В записи альбома принимал участие приглашённый вокалист Рой Хан (из Kamelot), исполнивший песню Trois Vierges. Кроме того, Epica как группа поддержки отправилась в тур вместе с Kamelot, продвигавшей свой альбом The Black Halo.

В сентябре 2005 года Epica создала третий альбом — The Score - An Epic Journey — саундтрек к голландскому фильму «Joyride». Марк Янсен так охарактеризовал его: «Это типичная Epica, только без пения, без гитар, без баса и без ударных».

В сентябре 2007 года «Epica» выпустила четвёртый альбом — «The Divine Conspiracy». Он продолжает начатую ещё After Forever серию «Embrace that smoothers». Концепция альбома посвящена мировым религиям и тому, что, несмотря на различия, их смысл един. В целом альбом можно охарактеризовать как намного более тяжёлый, но вместе с тем и более готичный. Возросла роль ударных, а гроул Марка Янсена присутствует почти во всех песнях. Местами даже слышны элементы блэк-метала. По структуре и звучанию новый альбом скорее напоминает первый — «The Phantom Agoy».

16 декабря 2008 года гитарист Ад Слуйтер покинул группу. На своей странице в MySpace Ад оставил сообщение с причинами ухода из группы, одной из которых было отсутствие времени на сочинение музыки из-за плотного графика выступлений. В январе 2009 года ему была найдена замена в лице Isaac Delahaye, ранее игравшего в группе God Dethroned